9月29日0—24时，31个省（自治州、市辖区）和兵团汇报增加诊断病案22例。在其中海外键入病案16例（云南省5例，上海市3例，广东省3例，辽宁省2例，浙江省1例，福建省1例，山东省1例），含2例由没有症状的携带者变为诊断病案（辽宁省1例，浙江省1例）；当地病案6例（均在黑龙江省哈尔滨）。无增加死亡病例。增加密切接触1例，为海外键入病案（上海市区）。
当天新增加治好康复病案63例，消除观察期的密切接触者67两人，危重症病案较前一日降低1例。
海外键入目前诊断病案504例（在其中危重症病案1例），目前密切接触1例。总计诊断病案9025例，总计治疗康复病案8521例，无死亡病例。
截止到9月29日24时，据31个省（自治州、市辖区）和兵团汇报，目前诊断病案908例（在其中危重症病案4例），总计治疗康复病案90584例，总计死亡病例4636例，总计汇报诊断病案96128例，目前密切接触1例。总计跟踪到密切接触者119804三人，尚在密切接触的密切接触者2728三人。
31个省（自治州、市辖区）和兵团汇报新增加没有症状的病毒感染者21例（均为海外键入）；当天变为诊断病案2例（均为海外键入）；当天取消密切接触7例（均为海外键入）；尚在密切接触的没有症状的病毒感染者354例（海外键入342例）。
总计接到港澳地区通告诊断病案28501例。在其中，香港特区12214例（康复11905例，身亡213例），澳门特区71例（康复63例），台湾省16216例（康复13742例，身亡842例）。